真言宗醍醐派の総本山である醍醐寺は、貞観16年（874）に理源大師・聖宝によって開創されました。
山岳信仰の霊山であった笠取山（醍醐山）に登った聖宝は、白髪の老翁の姿で現れた地主神・横尾明神より、こんこんと水（醍醐水）が湧き出るこの山を譲り受け、准胝・如意輪の両観音を刻み祀りました。それが醍醐寺の始まりです。
開創後、醍醐・朱雀・村上の三代にわたる天皇の深い帰依によって山上に薬師堂、五大堂、山下に釈迦堂、五重塔などが建立され、山上山下にまたがる大伽藍が調いました。
以後皇室をはじめ貴族や武士の支援を得て、三宝院をはじめとする諸院や種々の堂宇が建立され、真言密教の中心的寺院として今も多くの信仰を集めています。
平成6年（1994）には「古都京都の文化財」として、ユネスコの「世界文化遺産」に登録されました。