法輪寺は、622年、父聖徳太子の病気平癒を願った山背大兄王によって建立されたと伝えられています。

地名にちなんで三井寺とも呼ばれており、建当時の建物は現有していません。
戦後に行われた発掘調査から、法隆寺式伽藍配置をとり、七堂伽藍を完備していたこと、7世紀の創建だったことが判明しました。

法隆寺、法起寺とともに斑鳩三塔として、美しさを称讃された三重塔は昭和19年の落雷によって焼失してしまいましたが、昭和50年(1975)に昔ながらの工法を用いて復元されました。

講堂には、薬師如来坐像(重要文化財)や虚空蔵菩薩像(重要文化財)などの見応えのある飛鳥仏が安置されています。